【約三1】「有一個法利賽人，名叫尼哥德慕，是猶太人的官。」
- 本節原文開頭有個「但」字，表示尼哥德慕與二23那些看見主行神跡而信祂的人不同，他是真心要來追求真道。尼哥德慕的特點是：1) 他是一個法利賽人，屬於當時最具影響力的猶太教宗派，熱心祖宗的遺傳（太十五1-2）；2) 他是一個猶太人的官，即猶太公會（最高議會）的成員，屬當時猶太人社會的尊貴階級；3) 他是一個敬畏神、尋求神心意的人（2節）；4) 他是一位老年人（4節），具有不少人生閱歷；5) 他是一位以色列人的先生（10節），具有極高的教育水平；6) 他是一個謙卑的人，肯虛心向較他年輕的主耶穌移尊就教，並且恭稱祂「拉比」（老師）（2節）；7) 從他和主耶穌的對話中可以看出，他是一個誠實且有道德的人。
- 尼哥德慕在本書中還會出現兩次：一次在七45-52，他質疑猶太公會對待主耶穌的法律程序是否得當；另一次在十九38-42，他與亞利馬太人約瑟一起埋葬主耶穌的身體。
【約三2】「這人夜里來見耶穌，說：『拉比，我們知道你是由神那里來作師傅的；因為你所行的神跡，若沒有神同在，無人能行。』」
- 尼哥德慕在「夜里」來見主耶穌，可能是因為夜間沒有閒雜人的打擾，也可能是不敢在日間公然見主，以免引起別人的敵視（七50-51；十九39），因為當時神的百姓正處於屬靈的「夜里」。
- 「由神那里來」表示尼哥德慕所代表的人承認只有神與主耶穌同在，祂才能行奇跡。
- 「作師傅的」表明尼哥德慕想要從主耶穌領受更好的教訓，以便改善自己在神面前的行為。他在主耶穌身上看見有出路，但卻不認識主耶穌是誰。主耶穌道成肉身，並不是來作人的「師傅」，而是來賜人生命，叫人可以明白並認識神，又叫人可以活在神的國里。
【約三3】「耶穌回答說：『我實實在在地告訴你，人若不重生，就不能見神的國。』」
- 尼哥德慕雖然說「我們」（2節），將自己與別人放在一起，但主耶穌卻將他單挑出來。
- 「我實實在在地告訴你」是主耶穌的慣用語，提醒對方注意祂在下面所說的乃是重要的真理。
- 3節和7節里的翻譯為「重」的字原文在約翰福音其他經節都含有「從上頭」的意思，即從天上或從神的意思（三31，十九11、23），在新約其他地方也大都是「從上頭」的意思（太二十七51；可十五38；雅一17，三15、17）。主耶穌在此是說神國度的繼承人必須是神的兒女，是由神生的，也就是要接受「從上頭」賜下的生命，讓神對人的靈作徹底的改變。人只能靠「重生」進入神的國，不能靠自己的道德修養、屬靈知識或熱心事奉進入神的國。
- 主耶穌的回答與尼哥德慕的問題似乎毫不相幹，祂其實是從根本上否定尼哥德慕所追求的方向。尼哥德慕以為人所需要的是好的教訓，借以改善行為，但主耶穌強調人所需要的不是教訓，而是生命，沒有神的生命，就無法活出神所認可的行為。
【約三4】「尼哥德慕說：『人已經老了，如何能重生呢？豈能再進母腹生出來嗎？』」
當時法利賽人相信在末日覆活時，所有的猶太人都會進神的國，只有那些不信神且離經背道的人例外，所以尼哥德慕聽到主耶穌的話相當驚訝。沒有屬天的生命，就無法明白屬天的事，尼哥德慕誤解了「重生」的意思，以為是再進母腹生出來。
【約三5】「耶穌說：『我實實在在地告訴你，人若不是從水和聖靈生的，就不能進神的國。」
- 「進神的國」就是「見神的國」（3節）。
- 當時猶太教接納外邦人信徒，是給他們施行「水」的洗禮，將其全身浸入水里，以示洗凈拜偶像的污穢，然後稱他們為新造的人、或再生的人。
- 已經與主同死、同活，「從水生」，又有聖靈內住，即「從聖靈生」的人，不僅能明白神國的事，還能實際進入神的國里，享受其中一切的豐富。沒有神的生命，就不能進入神的國，凡是重生的人，就已經遷到神的國里了（西一13）。
【約三6】「從肉身生的就是肉身；從靈生的就是靈。」
- 人無論回母腹再生多少次，仍然是肉身，無法改變其敗壞的本質；人所需要的是在靈性上重生一次，而不是肉體上再生一次。
- 「從靈生的，就是靈」，前面的靈是指聖靈，後面的靈是指人的靈。聖靈是賜生命的靈（羅八2），祂讓人知罪、悔改，在人里面做工，將人死在罪惡中的靈覆活過來（弗二5）。
【約三7】「我說：“你們必須重生”，你不要以為希奇。」
「你們」將尼哥德慕代表的所有人都包括在內。
【約三8】「風隨著意思吹，你聽見風的響聲，卻不曉得從哪里來，往哪里去；凡從聖靈生的，也是如此。』」
- 人雖然能感受到風的吹動，並聽到風吹動時所發出的響聲，但因為看不見它，所以憑肉眼的感官難以理解「風」這個東西。聖靈在人身上的工作雖然肉眼不能看見，卻是實在的，效果是可以看見的。
- 「凡從聖靈生的，也是如此」表明聖靈的重生也是如此：1) 完全是聖靈的工作（風隨著意思吹），並不是人所能幹預的；2) 是無形、看不見的（只能聽見風的響聲）；3) 人不明白自己是如何被聖靈重生的（不曉得從那里來，往那里去）； 4) 但人可以在生命中經歷祂的實際（風吹和響聲），從而確定它的存在是一個事實。
- 這里的「風」是雙關語，原文可以是「風」、「氣息」或「靈」的意思。
【約三9】「尼哥德慕問祂說：『怎能有這事呢？』」
【約三10】「耶穌回答說：『你是以色列人的先生，還不明白這事嗎？」
關於被聖靈重生，舊約早有預言（賽四十四3，五十九21；結十一19-20，三十六24-27；珥二28-29；詩五十一10），但當時猶太教的領袖們卻忽略了。
【約三11】「我實實在在地告訴你，我們所說的是我們知道的；我們所見證的是我們見過的；你們卻不領受我們的見證。」
「你們」指尼哥德慕和他所代表的人。
【約三12】「我對你們說地上的事，你們尚且不信，若說天上的事，如何能信呢？」
- 「地上的事」指發生在地上的事，包括前面有關重生（3-8節）和後面有關救贖（14-16節）的講論。
- 「天上的事」指發生在天上的事。祂是從天降下仍舊在天的一位（13節），因此祂曉得天上所發生的事。
【約三13】「除了從天降下、仍舊在天的人子，沒有人升過天。」
- 「從天降下仍舊在天的人子」表明主耶穌的特性：1) 祂是「從天降下」、道成肉身（一14）；2) 祂雖活在地上，卻「仍舊在天」，祂並不屬於地，而超越過地；3) 祂在地若天，祂無論到哪里，就把天也帶到那里。基督徒也是全然屬天的，雖然我們今天還活在地上，卻應當活在屬天的性質中，無論我們在家中、學校、公司……，都讓人感覺到「天」就在那里。
- 「沒有人升過天」以諾和以利亞曾經升過天（創五24；王下二11），所以這里的意思是指沒有人像主耶穌那種性質的升天，且像祂那樣能夠長遠的在神面前為人祈求（來七24-25，箴三十4）。當時猶太人認為亞伯拉罕、摩西、以諾和以賽亞等人已升到天堂，將來會帶著啟示回到人間。
【約三14】「摩西在曠野怎樣舉蛇，人子也必照樣被舉起來，」
- 當以色列人出埃及後經過曠野時，因發怨言而得罪了神，神就使火蛇進入百姓中間，有多人被蛇咬死；後來他們認罪，神便吩咐摩西舉起銅蛇，替他們受神的審判，凡被蛇咬的，一望那銅蛇就活了（民二十一4-9）。
- 主耶穌將被釘在十字架上，乃如銅蛇被舉在桿上，以色列人因仰望銅蛇而得活，罪人因相信主耶穌而永生，整個救恩都是主耶穌成就的，人不需要自己做什麽，只要用信心去接受祂所成就的，就能得著永生。
- 「舉起」這動詞在約翰福音總共出現5次（三14×2，八28，十二32、34），每次都指主耶穌被釘十字架。
【約三15】「叫一切信祂的都得永生。（或作叫一切信的人，在祂里面得永生。）」
- 這就是主耶穌對尼哥德慕問題的回答：只要相信主耶穌就能重生，並且得到永生，重生是永生的開端，永生是重生的繼續。
- 「信」字原文是「信入」，也就是「接受」祂的意思（一12）。
- 「信」這個動詞是現在式，表示一直、持續地相信。
- 「永生」不僅是永遠存在，因為「永死」也是永遠存在，所以「永生」不僅是說到時間，更是說到性質。「永生」就是在基督里面神的生命，不僅在時間上是永久的，在性質上也是聖潔、完美的。
- 「永生」是約翰福音的主題：
- 人所經歷的永生的本質，就是「認識禰——獨一的真神，並且認識禰所差來的耶穌基督」（十七3）。這「認識」不單是知道而已，更是與神恢覆關系。
- 永生的完全實現是在末日覆活以後，但我們今生就能經歷一部分永生：「我實實在在地告訴你們，那聽我話、又信差我來者的，就有永生；不至於定罪，是已經出死入生了」（五24）。
- 父神是永生的源頭：生命從祂而來，祂也賜給聖子同樣的生命（五26）。因此，生命在基督里頭（一4），祂是覆活與生命（十一25），真理和生命（十四6），這生命是所有人的光（一4），使凡跟隨祂的人「就不在黑暗里走，必要得著生命的光」（八12）。
- 主耶穌道成肉身的使命就是永生：「我來了，是要叫羊得生命，並且得的更豐盛」（十10），「因為神的糧，就是那從天上降下來、賜生命給世界的」（六33）。為此主耶穌必須舍去生命：「我所要賜的糧就是我的肉，為世人之生命所賜的」（六51），「我是好牧人，好牧人為羊舍命」（十11），「我為羊舍命」（十15）。
- 主耶穌透過祂的話將永生賜給人：「我實實在在地告訴你們，那聽我話、又信差我來者的，就有永生」（五24），「我對你們所說的話就是靈，就是生命」（六63）。
- 從人來說，當人透過主耶穌的話相信祂的時候，就得永生（15-16、36節，六40、47，二十31）。
- 從神來看，人得永生是因他「不是從血氣生的，不是從情欲生的，也不是從人意生的，乃是從神生的」（一13）。
【約三16】「神愛世人，甚至將祂的獨生子賜給他們，叫一切信祂的，不至滅亡，反得永生。」
- 「神愛世人」原文是「因為神如此愛世人」（英文ESV、NASB、KJV譯本），「如此」和「照樣」（14節）是同一個字，意思是神用讓祂的兒子「也必照樣被舉起來，叫一切信祂的都得永生」（14-15節）的方式來愛世人。神「差祂的兒子為我們的罪作了挽回祭，這就是愛了」（約壹四10）。
- 「世人」原文與「世界」（約壹二15）同字，指犯罪墮落而構成世界的人，他們原是神按照祂自己的形象造的。「信」字原文是「信入」，是現在式，表示持續的狀態。真實的相信乃是歸入基督里面，而且一直、持續地相信。
- 「滅亡」在原文並不含喪失知覺或停止知覺活動的意思，聖經里面所謂「滅亡」的刑罰，是有痛苦知覺一直到永遠的。「永生」就是認識神，與神恢覆關系，並且今生與永世都經歷這關系所帶來的一切福氣，而「滅亡」則相反，就是今生與永世都錯過這些福氣，因為「神的震怒常在他身上」（36節）。
- 16-21節是使徒約翰對此事意義的評論。
【約三17】「因為神差祂的兒子降世，不是要定世人的罪（或作審判世人，下同），乃是要叫世人因祂得救。」
主耶穌第一次降世不是為了審判人，而是為了拯救人。當祂第二次再來的時候，天父就將最後審判的責任交給了祂（五22），主耶穌當年在世時所說的話就要被用來定那些拒絕接受之人的罪（十二48）。
【約三18】「信祂的人，不被定罪；不信的人，罪已經定了，因為他不信神獨生子的名。」
- 「信祂的人… 不信的人」不是指暫時的「信」或「不信」，而是指持續的「信」或「不信」。信主的名等於信主自己。世人最大的罪，就是不信主耶穌，「不愛光倒愛黑暗」（19節），輕看、藐視、忽略神的救恩。
- 「信祂的人不被定罪」，乃是因為這些人按著神的方法除掉罪，也按著神的方法接受了對的生命。主耶穌就是神所應許的唯一方法，叫相信祂的人不被定罪。
【約三19】「光來到世間，世人因自己的行為是惡的，不愛光，倒愛黑暗，定他們的罪就是在此。」
人被定罪的原因不是因為罪行的輕重或多少，而是因為人生命的本質不對，這生命使人拒絕神、更拒絕神的方法，所以只好自己去承擔罪的後果。
【約三20】「凡作惡的便恨光，並不來就光，恐怕他的行為受責備。」
「作惡」在原文不是指偶爾作惡，而是指習慣作惡。世人不信基督的原因，是「因自己的行為是惡的」（19節），而基督的光會顯明人行為的不善，讓他們心里不舒服，所以就恨惡光、不接受主耶穌。
【約三21】「但行真理的必來就光，要顯明他所行的是靠神而行。』」
- 「行真理的」就是相信神話語的人，也是行神話語、倚靠神的人。
- 「靠神而行」意思是「照著神的所是而生活行動」，「行真理的」人必然會來尋找主耶穌，為要確定自己所行的是否討神喜悅。
【約三22】「這事以後，耶穌和門徒到了猶太地，在那里居住，施洗。」
事實上主耶穌並不親自施洗，乃是由祂的門徒施洗（四2）。
【約三23】「約翰在靠近撒冷的哀嫩也施洗；因為那里水多，眾人都去受洗。」
「哀嫩」及「撒冷」的位置都不能確定。「水多」可能指當地有很多水泉或溪流，並不一定暗示當時的施洗乃是將人的全身浸入水里，因為水泉或溪流並沒有那麽深。
【約三24】「（那時約翰還沒有下在監里。）」
有關施洗約翰被下在監里的事，參見太十四3-5。
【約三25】「約翰的門徒和一個猶太人辯論潔凈的禮，」
【約三26】「就來見約翰，說：『拉比，從前同你在約旦河外、你所見證的那位，現在施洗，眾人都往祂那里去了。』」
可能那位「猶太人」在辯論中說約翰的施洗比不上主耶穌的施洗（25節），因而激怒了約翰的門徒。
【約三27】「約翰說：『若不是從天上賜的，人就不能得什麽。」
每個人的恩賜、工作和果效都是神所賜的，「若不是從天上賜的，人就不能得什麽」，所以事奉神的人不應該彼此攀比、彼此嫉妒，不必斤斤計較、證明自己，不可自高自大，也不可妄自菲薄。
【約三28】「我曾說：“我不是基督，是奉差遣在祂前面的”，你們自己可以給我作見證。」
神的仆人不是基督，而是基督的見證人，所以一切的榮耀都當歸給基督。
【約三29】「娶新婦的就是新郎；新郎的朋友站著，聽見新郎的聲音就甚喜樂。故此，我這喜樂滿足了。」
- 古代猶太人婚禮習俗，新郎的朋友（伴郎）負責將新郎帶到新婦面前，在洞房花燭夜時等在外頭。「新郎的聲音」是指新郎確認他娶的是一位處女時發出的歡愉之聲，此時伴郎的責任才算了結，並且因新郎的喜悅而一同快樂。
- 這里的「新婦」是指猶太人，「新郎」指基督，「新郎的朋友」指施洗約翰，施洗約翰的任務就是把基督介紹給猶太人，所以當施洗約翰看到「眾人都往祂那里去了」（26節）的時候，不但不嫉妒，反而為之快樂。
【約三30】「祂必興旺，我必衰微。」
「祂必興旺，我必衰微」這是屬靈長進的定律。真正的屬靈長進，乃是基督的生命在我們里面逐漸興旺、我們肉體的生命逐漸衰微，乃是我們把基督顯明在世人面前更多、我們自己在世人面前更少。
【約三31】「從天上來的是在萬有之上；從地上來的是屬乎地，他所說的也是屬乎地。從天上來的是在萬有之上。」
- 「從天上來的」指主耶穌。「從地上來的」指施洗約翰。
- 我們不但要完全認識主，也要認識自己「屬乎地」的本相。「從地上來的」人所說的見證、講道不管有多好，終究「他所說的，也是屬乎地」，所以傳福音要多說神的話，少說人的話。人所解說的再精彩、再正確，也比不過神帶著能力的話語本身，因為「從天上來的，是在萬有之上」。
【約三32】「祂將所見所聞的見證出來，只是沒有人領受祂的見證。」
主耶穌的教訓，乃出於祂屬天的經歷。「只是沒有人領受祂的見證」，並不是說完全沒有人接受主耶穌的見證（33節），而是指沒有聖靈感動的人，根據自己的本相都拒絕接受。
【約三33】「那領受祂見證的，就印上印，證明神是真的。」
「印上印」是專門用語，意思是將信件或布袋密封起來，蓋上認可的圖章，確保沒人修改其中的內容，比喻接受主耶穌見證的人都證明神是真實的。
【約三34】「神所差來的，就說神的話；因為神賜聖靈給祂，是沒有限量的。」
- 拉比文獻（Leviticus Rabbah 15:2）中說：「聖靈降臨在先知身上也是如此的各有不同的分量，一位先知能說一本書的預言，而另一位則能說兩本書」，即神依照祂交托給先知的任務而賜下不同分量的聖靈。
- 「神賜聖靈給祂，是沒有限量的」意思是說，神澆灌在主耶穌身上的聖靈比所有先知都多，所以主耶穌的話就是神的話（七16；八28；十二49；十四10）。
- 神的仆人都應當避免說出於自己的話，只說「神的話」。
【約三35】「父愛子，已將萬有交在祂手里。」
- 「父愛子」，是聖父「將萬有交在祂手里」的原因。
- 「父愛子」是約翰福音中不斷出現的主題：聖父將榮耀賜給聖子，是因在創世之前祂已愛了祂（十七24）；聖父愛聖子，因為祂願舍下生命，且能再取回來（十17）；聖父對聖子的愛是天父對信徒之愛的模式（十七26），也是主耶穌對信徒之愛的模式（十五9）。
- 聖父不但「將萬有交在祂手里」，也將一些別的東西交給了聖子：審判的責任（五22、27），在祂里面有生命（五26），所有的信徒都是祂的（六37、39，十29，十七6、9），管理全人類的權柄（十七2），聖名（十七11、12），榮耀（十七22、24）。
【約三36】「信子的人有永生；不信子的人得不著永生（原文作不得見永生），神的震怒常在他身上。』」
- 因為「父愛子，已將萬有交在祂手里」（35節），接下來就發生兩件事：首先，「信子的人有永生」，我們最蒙神喜悅的事，就是相信聖父所愛的聖子；其次，「不信子的人得不著永生，神的震怒常在他身上」，我們最讓神忿怒的事，就是拒絕接受聖父所愛的聖子，藐視、棄絕聖子為我們舍棄的生命。
- 「有」是現在式，表示永生是現在就可以擁有的，信的人不是要等到將來才可以得著。
- 「常在」表示一個罪人不要期望神的震怒最後會消失。我們永遠的結局如何，完全在於我們如何對待神的兒子，千萬不要為自己積蓄忿怒，惹神「震怒」（羅二5）。